すると、このような結果が得られました。
スタック画像を再生してみた方は分かると思うのですが、細胞が複数現れます。その為、どれがどの細胞なのかを判別出来るようにしたいですね。
そこで、HSV色空間で色分けする方法があります。Lpixel ImageJ Pluginsをダウンロードした状態で、Plugins->LPX->Lpx StkFilterを選択します。
そこで、HSV色空間で色分けする方法があります。Lpixel ImageJ Pluginsをダウンロードした状態で、Plugins->LPX->Lpx StkFilterを選択します。
modeはproj_を選択し、projModeをmaxHsvに設定します。どの色を使うかはzeroAngle~rangeAngleで選択します。HSVは色を360度で示します。
すると、以下のような結果が返ってきました。
スタート地点が赤。スタック画像の最後のスライスで青色に変化しています。色によって時系列の動きが分かり易いですね。
スタート地点が赤。スタック画像の最後のスライスで青色に変化しています。色によって時系列の動きが分かり易いですね。
次に細胞の移動量を調べる為に画像にマニュアルで番号をふっていきましょう。
試しに、HSVで色分けした画像に対して、同じ色の固まりごとにポイントをプロットしてみました。(スタック画像の側にプロットした方が正確かも知れません。)
キーボードのtボタンを押して、ROI Managerを開き、同じ色の中で輝度の高い画素にポイントをプロットします。そして、tボタンでそれぞれのポイントの位置を記録します。
すると、スタック画像の方にも、プロットした軌跡が表示されます。
キーボードのtボタンを押して、ROI Managerを開き、同じ色の中で輝度の高い画素にポイントをプロットします。そして、tボタンでそれぞれのポイントの位置を記録します。
すると、スタック画像の方にも、プロットした軌跡が表示されます。
また、ROI Managerで一連のポイントを選択して、Measureボタンを押すと、以下のように、ポイントの位置を調べることが出来ます。
エルピクセル編集部
