2016年9月28日 更新

細胞の移動量を調査

細胞の移動量(動態解析)についてご紹介します。動態解析とは、観察している対象物の経時的な変化を調べる為に行います。

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今回は動態解析について見て行きたいと思います!

動態解析とは、観察している対象物の経時的な変化を調べる為に行います。
理化学研究所

理化学研究所

例えば、理化学研究所の「細胞内ロジスティクスのデジタル解析」分野では、メラノソーム輸送に関するタイムラプス動画が紹介されていました。メラノソームの動態解析について自動解析を行っているそうです。

また、医用画像では、心臓の拡張期と収縮期の形態の違いを比較して、心駆出率(Ejection Fraction)や心拍出量(Cardio Output)を調べる為に同じ断面でスライスを何枚も撮像し動態解析を行ったりします。

ここで、動画画像がどのように構成されているのか見て行きたいと思います。
anfoworld

anfoworld

上は画像解析を個人で行われている方のHPから拝借しました。動画は、一枚一枚の画像を時間軸に沿って重ね合わせたものです。従って、ある対象がどのように動いたかを調べる為には、対象物の位置が一枚一枚確認出来れば、移動距離を調べることが出来ます。

ここで、一枚ずつ画像を重ね合わせた画像のことをスタック画像といいます。
 (1132)

スタック画像は、一枚ずつ動画のようにコマ送り再生することが出来ます。
 (1134)

Stacks -> Animation -> Animation Options...から再生のスピードなどを設定出来ます。
 (1135)

初期設定では、Speedは10fpsになっています。
さて、今回は、Fijiの画像サンプルに入っている疑似細胞の動態解析用サンプルを見てみましょう!

File -> Open Samples -> Tracks for Trackmateを選択して下さい。
 (1137)

 (1138)

まず、全体でどれだけ細胞が動いているか、移動距離を見てみます。

Image -> Adjust -> Brightness/Contrastで動きを見たい対象以外のノイズを除去します。
 (1140)

次に、Image -> Stacks -> Z Projectを選択し、Projection typeをMax Intensity(最大輝度を1つのスライスに投影する)に設定してOKを選択します。
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