VR解剖アプリを作る その1 ~CTスキャンの結果から3Dデータを得る~

VR解剖アプリを作るその1 ~CTスキャンの結果から3Dデータを得る~

VR解剖アプリを作る連載物です。今回はOsiriXというソフトを使ってCTのデータから3Dデータを作成しました。

「3Dビューア」の「3Dサーフェスレンダリング」を選択します。
サーフェスレンダリングでは組織の表面を再現する3Dデータを作成します。ハリボテのようなもので中身は空です。その分軽量に扱うことができます。

するとこのような3Dモデルを生成できます。

アップで見るとところどころがたついていたり、ゴミのような小さな物体が写り込んでいることがわかります。
余分な部分は後で取り除けば良いのですが、もっと精緻なモデルを作りたいということであればCTの設定からいじる必要があります。
スライス厚とピクセルサイズを細かく設定すれば、より詳細なモデルが作れると思います。

ちなみに歯の部分にトゲのような突起があります。
この部分を輪切り状の画像で確認すると強く光っているように見えます。
これはアーチファクトと言われます。CTに本来ないものが（と言うと語弊があるので詳しくはこちらhttp://www.white-rabbit.jp/contents/XRayCT/CT_04artifact.html ）写り込んでしまった状態です。
今回は義歯に反応してしまったようです。

ROIとは

「region of interest」の略です。
先ほどは「骨」と言うざっくりとしたくくりでモデリングしました。
ROIを利用すると自分が関心のある部分、例えば肺だけあるいは肝臓だけと言う風に3Dモデルを作成することができます。

「ROI」から「リージョングローイング」を選択します。

コントロールパネルが出現します。
今回は臓器のデータがないので頭蓋骨を使います。
ここでは骨だけを選択したいのでアルゴリズムを「しきい値（間隔）」に、間隔を「100」にしました。

左のような設定にします。これで「計算」をクリックすると、ROIだけを抜き出した画像群が得られます。

再び「3Dビューア」の「3Dサーフェスレンダリング」を選択します。
「ROIマネージャ」から先ほど作成したROIを選択すると、骨だけの3Dモデルが表示されます。
ROIの選択時に手動でノイズを取り除くことでさらにきれいにすることができます。
肩甲骨や肋骨なども表示されていません。同じ骨でも実際につながった部分だけを簡単に取り出すことができました。
もちろん手動で範囲を設定することもできます。