open("C:\\Users\\Hiro\\Downloads\\Rat_Hippocampal_Neuron2.zip");
run("Split Channels") ;
selectWindow("C3-Rat_Hippocampal_Neuron2.tif");
run("8-bit");
run("Options...", "iterations=1 count=1 black");//*1
run("8-bit");
getStatistics(area, mean, min, max, std, histogram); //*2
print(“mean=”, mean);
setAutoThreshold("Otsu"); //*3
//run("Threshold...");
setAutoThreshold("Otsu dark"); //*4
//setThreshold(90, 255);
run("Convert to Mask");
run("Analyze Particles...", "size=5-Infinity show=Outlines display summarize"); //*5パターン①蛍光画像
パターン②明視野画像
Black Backgroundの✓をはずす、,Dark Backgroundの✓をはずす
run("Embryos (42K)");
run("8-bit");
run("Options...", "iterations=1 count=1");//*1
getStatistics(area, mean, min, max, std, histogram); //*2
print(“mean=”, mean);
setAutoThreshold("Otsu"); //*3
//setThreshold(0, 103);
setOption("BlackBackground", false); //*4
run("Convert to Mask");
//setTool("polygon");
makePolygon(3,3,3,1194,867,1188,864,1017,1584,1026,1590,6);
run("Analyze Particles...", "size=100-Infinity show=Outlines display summarize");//*5パターン②明視野画像
注釈では各行に記載されたスクリプトの意味を示します。
*1；ImageJ背景の設定
*2；統計量取得
*3；自動閾値設定
*4；背景と二値化処理との対応
*5；粒子解析
*1；ImageJ背景の設定
*2；統計量取得
*3；自動閾値設定
*4；背景と二値化処理との対応
*5；粒子解析
最後にこれまで書いてきた記事とその概要を以下に示しました。シリーズ６からはより応用的な内容になっていますので１から５を理解しておくと記事が読みやすいと思います。
マクロの文法のまとめは以下のリンク先も参考にしてみてください。
(シリーズ５．ImageJマクロ言語を用いた画像解析～マクロ言語のまとめ～https://lp-tech.net/articles/q0ii2)
マクロの文法のまとめは以下のリンク先も参考にしてみてください。
(シリーズ５．ImageJマクロ言語を用いた画像解析～マクロ言語のまとめ～https://lp-tech.net/articles/q0ii2)
シリーズ１．ImageJの基礎～画像とは～
https://lp-tech.net/articles/Myfdc
【概要】
画像の種類とピクセル、bit深度、座標などこれからImageJを用いて画像処理を実行していくために必要な基本的な知識を紹介しました。
【概要】
画像の種類とピクセル、bit深度、座標などこれからImageJを用いて画像処理を実行していくために必要な基本的な知識を紹介しました。
シリーズ2．ImageJの基礎～自動処理用開発言語 (マクロ)
https://lp-tech.net/articles/4fqE3
【概要】
マクロとはImageJで使われる自動処理用開発言語です。この言語で画像処理の操作を記述するとマニュアルでやっていた画像処理を自動化することが可能になります。ひとつひとつの画像処理のステップをマクロで記述する方法についはBuilt-in Macro Functionsに掲載されていますが、その多くはrun(“操作の命令文“);という書き方で実行することができます。
【概要】
マクロとはImageJで使われる自動処理用開発言語です。この言語で画像処理の操作を記述するとマニュアルでやっていた画像処理を自動化することが可能になります。ひとつひとつの画像処理のステップをマクロで記述する方法についはBuilt-in Macro Functionsに掲載されていますが、その多くはrun(“操作の命令文“);という書き方で実行することができます。
シリーズ３．ImageJマクロ言語を用いた画像解析～①輝度の統計量 ～
https://lp-tech.net/articles/X31Q9
【概要】
ImageJでは解析対象となる画像からさまざまな統計量 (面積 (単位はpixels) 、平均値、標準偏差、歪度、尖度、平均値)を取得することができます。特にライフサイエンス領域の研究では画像から、面積や輝度値を解析することが重要になります。
【概要】
ImageJでは解析対象となる画像からさまざまな統計量 (面積 (単位はpixels) 、平均値、標準偏差、歪度、尖度、平均値)を取得することができます。特にライフサイエンス領域の研究では画像から、面積や輝度値を解析することが重要になります。
シリーズ３．ImageJマクロ言語を用いた画像解析～②二値化処理-1～
https://lp-tech.net/articles/wIEoF
【概要】
二値化処理は画像を白と黒の2色で表現し、領域を前景と背景の2つに分ける手法です。画像を二値化処理することによって数や面積、形態の測定などの画像解析が可能になります。二値化にはOtsu法やPercentile法に代表される自動二値化と解析者が設定する固定値を閾値とした二値化があります。
【概要】
二値化処理は画像を白と黒の2色で表現し、領域を前景と背景の2つに分ける手法です。画像を二値化処理することによって数や面積、形態の測定などの画像解析が可能になります。二値化にはOtsu法やPercentile法に代表される自動二値化と解析者が設定する固定値を閾値とした二値化があります。
エルピクセル編集部
