はじめに
ImageJ（ついでにMacも）初心者である筆者が、LPixel内のエキスパートや本から学んだことをアウトプットとして、動画に残していくことを目的としています。
また、Youtubeを使ってより感覚的に理解することに焦点を当てています。
対象：
これからImageJを学ぶ初心者。ImageJは使ったことあるが、マクロ、プログラミング等の単語にまだ苦手意識がある中級者。
*グダッても気にしない心に余裕のある方。（重要）
このシリーズのゴール：
画像解析のための基本操作をマスターする。
また、Youtubeを使ってより感覚的に理解することに焦点を当てています。
対象：
これからImageJを学ぶ初心者。ImageJは使ったことあるが、マクロ、プログラミング等の単語にまだ苦手意識がある中級者。
*グダッても気にしない心に余裕のある方。（重要）
このシリーズのゴール：
画像解析のための基本操作をマスターする。
動画予定コンテンツ（変更の可能性あり）
①ImageJのセットアップ
* Fiji ダウンロード/環境設定（白黒の逆転）
* Pluginの方法: Accurate Gaussian Bur
②形態観測（セグメント/領域抽出）：面積や円形度など様々な情報を画像から取得しよう。
* Gray Scale
* 前処理（ノイズ軽減
-Filter
--平均 mean
--中央値 median
--ガウシアン Gaussian
-FFT ファストフーリエ変換
* Threadhold 二値化
* 後処理（ノイズ軽減・Watershed
-Erode/Dilate
-Watershed
* 粒子解析
③3Dデータ観測
④経過観察
⑤小ネタ集
* Fiji ダウンロード/環境設定（白黒の逆転）
* Pluginの方法: Accurate Gaussian Bur
②形態観測（セグメント/領域抽出）：面積や円形度など様々な情報を画像から取得しよう。
* Gray Scale
* 前処理（ノイズ軽減
-Filter
--平均 mean
--中央値 median
--ガウシアン Gaussian
-FFT ファストフーリエ変換
* Threadhold 二値化
* 後処理（ノイズ軽減・Watershed
-Erode/Dilate
-Watershed
* 粒子解析
③3Dデータ観測
④経過観察
⑤小ネタ集
さあ、Fijiをインストールして画像解析の一歩を踏み出そう
ImageJ tutorial 1 / FIJIインストール
なにはともあれ、インストールしてみます。簡単な環境設定もここで行います。
via www.youtube.com
新しいプラグインをFijiにインストールして、機能をさらに拡張させよう
ImageJ tutorial 2 / プラグイン
imageJの機能拡張のためにプラグインをインストールして使用するまでの過程を見ていきます。
今回は、Accurate Gaussian Blurというガウシアンフィルターの強化版をダウンロードしてみます。
今回は、Accurate Gaussian Blurというガウシアンフィルターの強化版をダウンロードしてみます。
via www.youtube.com
＊動画にして欲しい画像解析方法等があれば、お問い合わせからご連絡下さい。
参照
Miura, K., & Tsukada, Y. (Eds.). (2016). ImageJではじめる生物画像解析 (1st ed.). 秀潤社.
また、Lp-techのWriterでもある湖城さんにも多くのアドバイスをもらっています。https://lp-tech.net/about
また、Lp-techのWriterでもある湖城さんにも多くのアドバイスをもらっています。https://lp-tech.net/about
11 件
北村 旭
