2017年2月9日 更新

YoutubeでImageJ チュートリアル1 - インストール・セットアップ・プラグイン

Fiji(ImageJにあらかじめ様々なプラグインがインストールされているもの)のインストールの仕方。新しいプラグインのインストールの方法を動画として紹介します。

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はじめに

ImageJ(ついでにMacも)初心者である筆者が、LPixel内のエキスパートや本から学んだことをアウトプットとして、動画に残していくことを目的としています。
また、Youtubeを使ってより感覚的に理解することに焦点を当てています。

対象:
これからImageJを学ぶ初心者。ImageJは使ったことあるが、マクロ、プログラミング等の単語にまだ苦手意識がある中級者。
*グダッても気にしない心に余裕のある方。(重要)

このシリーズのゴール:
画像解析のための基本操作をマスターする。

動画予定コンテンツ(変更の可能性あり)

①ImageJのセットアップ
* Fiji ダウンロード/環境設定(白黒の逆転)
* Pluginの方法: Accurate Gaussian Bur

②形態観測(セグメント/領域抽出):面積や円形度など様々な情報を画像から取得しよう。
* Gray Scale
* 前処理(ノイズ軽減
-Filter
--平均 mean
--中央値 median
--ガウシアン Gaussian
-FFT ファストフーリエ変換
* Threadhold 二値化
* 後処理(ノイズ軽減・Watershed
-Erode/Dilate
-Watershed
* 粒子解析

③3Dデータ観測

④経過観察

⑤小ネタ集

さあ、Fijiをインストールして画像解析の一歩を踏み出そう

ImageJ tutorial 1 / FIJIインストール

なにはともあれ、インストールしてみます。簡単な環境設定もここで行います。

新しいプラグインをFijiにインストールして、機能をさらに拡張させよう

ImageJ tutorial 2 / プラグイン

imageJの機能拡張のためにプラグインをインストールして使用するまでの過程を見ていきます。
今回は、Accurate Gaussian Blurというガウシアンフィルターの強化版をダウンロードしてみます。

*動画にして欲しい画像解析方法等があれば、お問い合わせからご連絡下さい。

参照

Miura, K., & Tsukada, Y. (Eds.). (2016). ImageJではじめる生物画像解析 (1st ed.). 秀潤社.

また、Lp-techのWriterでもある湖城さんにも多くのアドバイスをもらっています。https://lp-tech.net/about
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北村 旭 北村 旭