2017年1月26日 更新

シリーズ4.ImageJマクロ言語を用いた画像解析~②二値化処理-2~

【記事の目標】 画像を触ったことがない人を対象として、適切な画像解析を施すまでのImageJのマクロ言語を用いた学習過程を示す。

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◆Black Backgroundに✓を入れない→輝度値0を白、輝度値255を黒で示す

前景を輝度値0(白)/背景を輝度値255(黒)
前景を輝度値255(黒)/背景を輝度値0(白)


ではどのように前景、背景と輝度値を組み合わせるのでしょうか。
これは二値化(Threshold)を実行するときに組み合わせます。ImageJのImage→Adjust→Thresholdをクリックします。
 (2690)

表示されるThresholdの画面にDark backgroundという項目があります。
 (2694)

このDark Backgroundへの✓の有無によって前景と背景のどちらを輝度値255に設定するかを決めます。例えば前回の記事で使用したサンプル画像(embryos.jpg)を8bitに変換すると、細胞が暗く、背景が明るく表示されます。
つまりこの画像では細胞が対象物(前景)、背景がバックグラウンドと考えることができます。解析対象は細胞になるので細胞を輝度値255にしたいと考えます。
 (2697)

Black Backgroundに✓を入れる→輝度値0を黒、輝度値255を白で示す
というImageJの設定のもとで、前景(細胞)を輝度値255(白)/背景を輝度値0(黒)で二値化したいときはもとの画像の背景(明るく表示されている方)がバックグラウンドになるのでDark Backgroundへの✓を外して二値化を実行します。 その結果、細胞のほうが赤で表示されApplyをクリックすると、細胞が白(輝度値=255)、背景が黒(輝度値=0)の二値化画像に変換されます。解析対象である細胞が輝度値255になっているので粒子解析が実行可能となります。
 (2699)

この設定を間違えてしまうと細胞を測りたいのに背景の粒子解析をしてしまうので気をつけましょう。

【パターン①から④の二値化処理をマクロで施す】

サンプル画像(*1)Rat_Hippocampal_Neuron2.zip を例に見てみましょう。
 (2706)

◆パターン①(Black Backgroundに✓,Dark Backgroundの✓を外す)

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