複雑な解析処理を自動化

一連の作業を自動化する方法をご紹介します。

メニューから、Plugins->Macros->Recordを選択して下さい。

すると、以下のようなウィンドウが表示されます。

このウィンドウは、画像に何か編集を行うと、行った編集履歴が残ります。そして、Createを押すと、その履歴をもとにした画像処理を再現することが出来るのです。

左のウィンドウを見ると、run("Cell Colony"(31K)");が追加されていることが分かるでしょうか？

同様に、以下の一連の処理を行っていきます。

これら、一連の処理がウィンドウに記録された状態で、Createを押して下さい。

すると、以下のようにマクロが作成されます。これを試しに実行してみましょう。

すると、途中でエラーウィンドウが出て、実行したい命令が途中で止まってしまいました。

ここでは、しきい値の設定が実行出来ていなかったようです。ウィンドウ上で階調度を調節していても、Applyを押さないとしきい値として設定されなかったようです。
そこで、しきい値を設定するように命令をつくり直しました。

適用をクリックすると、run("Convert to Mask"); が追加されます。これによって、しきい値が定義され、しきい値を基準とした2値化処理が行われます。その後に続く"Analyze Particles"の処理も実行されるようになります。

実際にこのマクロファイルを実行してみましょう。

このように同様の結果が自動で得られることが分かります。
実行したマクロはファイルとして保存することが出来ます。
使いたい時にファイルを開けば、いつでも使うことが出来るのです。

さて、いかがだったでしょうか？自動化処理は、非常に便利な機能であり、同じ処理の自動化を行うことで必要な作業に専念することが出来ます。一方、ただ単に記録しているだけでは、思わぬエラーに気づかないことがありますし、何を目的にしてこの処理を行っていたのか分からなくなる可能性もあります。

その場合は、エラーを検証したり、ファイルの中にコメントアウトで表記しておくと後になっても分かり易いでしょう。

是非、みなさんも処理の自動化を試してみて下さい！