形状解析

まずはFijiを開いてみましょう。
今回は、こちらのサンプル画像を用います。

こちらの１つ１つの粒の大きさを調べる為にはどうすればよいでしょうか？

粒の頭と尾をつなげる直線を引いてみましょう！

左から5番目の直線コマンドを使います。

こんな形で、粒の真ん中を通るような直線を引いていきます。

順番をつけると直線が分かり易くなりますよ！キーボードのTを押すと、ROI Managerというウィンドウが表示されます。

それから、直線を引いた後にTを押すと、調べる対象に追加されていきます。

調べる対象を追加し終わったら、Measureを押してみて下さい。

すると、以下のように引いた直線の長さや角度などを示した情報がリストとして返されます。

具体的にどんな項目が書かれているのか、見てみると、

周囲長(Perimeter)や幅と高さ、角度、長さ、輝度の分布などが表示されているのが分かります。

得られた結果(Result)は、メニューバーのSave asからExcelファイルとして保存することが出来ます！Rをご利用される方は、テキストファイル(.txt)に変換して統計処理することも出来ます。色々試してみて下さい！

手作業でROIを設定する方法は、いくつかあり、今回紹介した直線を引く方法と、

選択ブラシツールでROIの形を手作業で作る方法があります。

ROIを選択ブラシでいちいち決めていくのは、手間がかかりそうですよね。

次回は、より自動的に粒子の部分だけを抽出出来る「2値化処理」を用いた方法について紹介します！